医药化工废水成分复杂，且富含高浓度氨氮、硫酸盐、SS以及难生物降解和有毒有害的有机物的特性，因此可先通过调节池和混凝气浮机对废水进行调节并气浮絮凝沉淀处理以去除废水中SS及部分氨氮、COD，以确保后续系统反应稳定运行。
有机物处理：医药化工废水中含有大量的有机物，可以通过生物法、化学法等方法进行处理，如生物反应器、氧化反应器等设备，将有机物降解为无害物质。酸碱中和：医药化工废水中的酸碱度往往较高，可以通过酸碱中和的方式将其调节到中性或接近中性，然后进行后续处理。
化工废水处理方法很多，最好的办法是协同催化氧化法+导流曝气生物滤池。协同催化氧化法的最大特点，一是能提高废水的可生化性，二使废水中的有害物质无选择地氧化成COH2O或矿物盐，并能卓有成效地脱色、脱氮、除磷及氯化氯金属和难降解有毒、有机物，并且不余留残余。
1、我国的污水处理发起步晚、发展快，污水处理采用的工艺主要是生化处理，常见工艺有接触氧化法、AB法、A/O法、氧化沟、SBR、曝气生物滤池、导流曝气生物滤池等。制药废水处理，建议采用导流曝气生物滤池，导流曝气生物滤池已在制药、屠宰、化工、高盐等废水处理行业有大量的成功案例。
2、常见的处理这种高浓度有机废水的方法有：溶剂萃取法、吸附法、生物法、膜分离法、氧化法、焚烧法。
3、对原水采用FCM-IV催化自电解技术进行高效预处理，提高废水可生化性，为后段生化系统创造有利条件。同时大幅度去除废水中的COD，降低生化系统进水负荷，提高处理效率。
4、混凝法该技术是目前国内外普遍采用的一种水质处理方法，它被广泛用于制药废水预处理及后处理过程中，如硫酸铝和聚合硫酸铁等用于中药废水等。高效混凝处理的关键在于恰当地选择和投加性能优良的混凝剂。近年来混凝剂的发展方向是由低分子向聚合高分子发展，由成分功能单一型向复合型发展。
5、制药厂制药废水处理方面存在几种传统的方法，主要包括蒸发法、燃烧法和超临界氧化法。然而，这些方法在实际应用中都面临一些困境。首先，制药废水处理的成本较高，因为无法对水资源进行循环利用，导致水费和污水处理费用占据总生产成本的15-20%。
6、污水处理厂的工作原理 （1）预处理 污水的预处理是整个系统能否有效运行的关键。污水中含有大量易腐化的有机物，必须在进入处理系统前加以拦截，以防止悬浮固体有机质腐化成为溶解性有机质，导致污水COD、BOD5浓度升高。常用的预处理方法很多，主要包括：调节、隔油等。
生化处理技术是目前制药废水广泛采用的处理技术，包括好氧生物法、厌氧生物法、好氧-厌氧等组合方法。1 好氧生物处理由于制药废水大多是高浓度有机废水，进行好氧生物处理时一般需对原液进行稀释，因此动力消耗大，且废水可生化性较差，很难直接生化处理后达标排放，所以单独使用好氧处理的不多，一般需进行预处理。
物化处理、化学处理、生化处理以及多种方法的组合处理等，各种处理方法具有各自的优势及不足。物化处理根据制药废水的水质特点，在其处理过程中需要采用物化处理作为生化处理的预处理或后处理工序。
膜分离法 膜分离法是个物理过程，有过滤和浓缩作用，能处理高浓度、生化性差或传统方法难以处理的制药废水。（4）电解法 电解法是通过借助外加电流的作用，产生一系列化学反应，使废水中的有害杂质以转化的形式而被去除。它是通过两极产生的新生态的氧和新生态的氢，使废水中污染物得到净化。
生物处理：利用微生物将有害物质分解成无害物质，通常需要使用生物反应器和其他设备来控制温度、pH 和氧气水平等条件。化学处理：通过加入化学物质，如氧化剂、还原剂、絮凝剂、沉淀剂，将有害物质转化为无害物质。物理处理：通过物理过程，如蒸馏、膜分离、离子交换等，去除废水中的有害物质。
1、生物处理：利用微生物将有害物质分解成无害物质，通常需要使用生物反应器和其他设备来控制温度、pH 和氧气水平等条件。化学处理：通过加入化学物质，如氧化剂、还原剂、絮凝剂、沉淀剂，将有害物质转化为无害物质。物理处理：通过物理过程，如蒸馏、膜分离、离子交换等，去除废水中的有害物质。
2、氧化法：大多数羧酸类废水可用氧化法处理。包含批式液相氧化、湿式氧化、臭氧氧化等。生化法：大部分脂肪酸均可采用好氧生物法处理。一般认为直链脂肪酸很易生化降解，在直链结构上引入其他基团可能会对酸的可生化降解性产生影响。八还原法：硫酸亚铁脱色就是还原法脱色的一个离例子。
3、第一物理过滤，用物理过滤设备过滤掉水中的粒子体积较大的残渣，然后用明矾等易形成胶体的无毒物进行化学沉降。
4、化工废水处理时常用的物理处理法是包括过滤法、重力沉淀法、气浮法等。这些都是以传质作用来处理化工废水，不单单涉及化学作用，还具有相关的物理作用，因此被称为物理化学法，是一种将物理作用和化学作用相结合的污水处理化处理方法来净化废水。
5、对已建成未达标的高浓度有机废水处理工程，用该技术作为已建工程废水的预处理，即可确保废水处理后稳定达标排放。也可将生产废水中浓度较高的部分废水单独引出进行微电解处理。
